Kvalita vody má významný vliv na akvakulturu. Proto je pro akvakulturu obzvláště důležité znát detekční indikátory, provádět pravidelné kontroly kvality vody a včas reagovat na úpravy indikátorů kvality vody.
Mezi hlavní testované položky pro akvakulturní vody patří pH, amoniakální dusík, rozpuštěný kyslík, dusitany, sulfidy a slanost. Mezi nimi jsou rozpuštěný kyslík a správné pH nezbytnými podmínkami, zatímco amoniakální dusík, dusitanový dusík a sulfidy jsou hlavní toxické látky produkované metabolismem ryb a krevet. Přesné a včasné měření koncentrace těchto látek a následné přijetí odpovídajících opatření může výrazně zlepšit míru přežití ryb a krevet a snížit náklady na chov.